El PER tiene limitaciones importantes que el inversor debe conocer para no tomar decisiones erróneas basadas en un solo dato.
Entre ellas destaca que no tiene en cuenta el nivel de endeudamiento de la empresa, lo que podría ocultar una situación financiera precaria.
Además, este ratio no es aplicable a empresas que actualmente operan con pérdidas y sus componentes (como el BPA) pueden ser objeto de manipulaciones contables puntuales.